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透明の設定を使うことで、図を奇麗にしたり見やすくしたりすることができます。
背景の透明化に関しては作図に役立つコマンド+αをご覧ください。

surface

  1. 全体を透明化
    2. surface全体を透明化するには、
    set transparency, 0.6
    数値は0（0%透過）から1（100%透過）の数値を指定します。

    コマンドラインを使わない場合は、
    Setting → Transparency → Surface →透過度（%）を選択

    surfaceの色の変更やcartoonの表示に関してはコマンドの基本 set 設定を変えるを ご覧ください。


  2. 一部を透明化
    3. 透過度の後ろに残基番号などを指定すると一部分を透明化できます。
    set transparency, 0.6, (resi 1-100)


    色の変更も同様にできます。
    set surface_color, green, (resi 1-100)




cartoon

cartoonを透明化するには、
set cartoon_transparency, 0.4
数値は0（0%透過）から1（100%透過）の数値を指定します。

コマンドラインを使わない場合は、
Setting → Transparency → cartoon →透過度（%）を選択
cartoon_transparency, 0 cartoon_transparency, 0.4



stick

stickを透明化するには、
set stick_transparency, 0.5
数値は0（0%透過）から1（100%透過）の数値を指定します。

コマンドラインを使わない場合は、
Setting → Transparency → stick →透過度（%）を選択
stick_transparency, 0 stick_transparency, 0.5