おうちでできる構造解析 iMolflm
おうちでできる構造解析
構造生物学に関する備忘録
Home
> おうちでできる構造解析 > iMosflm
iMosflmの起動
左上のプルダウンメニューから"Data Reduction" を選択
"Data Processing using Mosflm" のサブメニューから "Start iMosflm" をクリック
回折データの読み込み
左上の水色のアイコン(Add image)をクリック
回折データのイメージファイルのうちの1つを選択して、"Open" をクリック
回折イメージが開くと同時に、すべての回折データと実験条件などが読み込まれます。
ピークサーチと指数付け
ピークサーチと指数付け
左の "Indexing" をクリックすると、自動的に回折点がピックアップされて、それらをもとに指数付けが行われます。 同時にmosaicityも見積もられます。
可能性のある解には緑色の印が付けられます。 "Spacegroup" のプルダウンメニューから空間群を選択します。
確認
回折イメージを見て、×(spot)と□(prediction)が回折点の位置が合っていることを確認します。
精密化
左の"Cell Refinement" をクリックして、右上の "Process" をクリックすると、 指数付けで決定された、格子定数、結晶の方位、モザイク性、ビームの位置などの パラメータが精密化されます。
グラフがなだらかであれば、精密化はうまくいっていると考えられます。
積分
左の "Integration" をクリックし、"Process" をクリックすると回折点の強度が積分されます。
上の "collect_1_001.mtz"というファイルが出力されます。必要があれば、積分を実行する前に名前を変更します。
これで積分まで完了しました。続いて、SCALAを用いてスケーリングを行います。
PyMOL
インストール
基本操作
コマンドの基本
作図に役立つコマンド+α
静電ポテンシャルの表示
疎水性度の表示
保存度による色分け
3DCGプリント
ラベル
分子の重ね合わせ
水素結合
距離の測り方
カメラ方位
リガンド結合部位の表示
電子密度マップ mesh
電子密度マップ volume
電子密度マップ FFT
ボール&スティックモデル
cavityの表示
pocketの表示
相互作用部位の表示
動画の作り方 GUI編
動画の作り方 コマンド編
二次構造の割り当て(DSSP)
透明
温度因子
点変異の導入
おうちでできる構造解析
概要
インストール & 準備
iMosflm
SCALA
Matthews係数
分子置換モデル
位相決定(分子置換法)
分子モデル構築
HKL2000 概要
HKL2000
HKL2000 scalepack2mtz
空間群の決定
HKL2000 ログを読む
3Dプリンター
構造生物学と
3Dプリンター
ソフトウェア
ダウンロード
surfaceモデル
ワームモデル
リボンモデル
サイズの変更 netfabb
その他
蛋白質結晶学四方山話
保存度による色分け
(chimera編)
Excelでまとめる
アライメント
PowerPoint
オリジナルテンプレート
アニメーションGIFの
作り方 giam編
アニメーションGIFの
作り方 ImageMagick編
初めてのPDB登録
CCP4mg動画