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REFMAC5で出力した電子密度（.mtzファイル）を変換して、PyMOLで表示する方法です。REFMACで出力したPDBファイルとMTZファイルを手元に準備してください。

FFTの起動

"Map & Mask Utilities" サブメニューにある "Run FFT - Create Map" をクリック



FFTの実行

以下のように設定して、"Run"から実行します。
  1. "all atoms in PDB file"を選択
  2. MTZファイルを選択
  3. 2Fo-Fc mapの場合は"F1"と"PHI"をそれぞれ"FWT"と"PHWT"に変更
    (Fo-Fc mapの場合は"F1"と"PHI"をそれぞれ"DELFWT"と"PHDELWT"に変更)
  4. PDBファイルを選択
  5. Map outのファイルの拡張子を.ccp4に変更



PyMOL

PDBファイルとCCP4ファイルの開き方は電子密度マップ meshと同じです。


メッシュを細かくする

設定を変えずにマップを描くとメッシュの細かさはこんな感じです。

メッシュのグリッドを小さくしてみます。
  1. CCP4のメインウィンドウにある終了したFFTのジョブをダブルクリックしてログを開きます
  2. ログの下のほうにある"Grid sampling on x, y, z"の値をチェックします。
    例ではx=96, y=168, z=180です。



  3. FFTを開いて"Infrequently Used Options"の中にある"Grid spacing"にログでチェックした"Grid sampling on x, y, z"を等倍した値を入力します。 大きくするとグリッドは細かくなります。例ではすべて2倍にしました。




同様にPyMOLでマップを描いてみるとこんな感じです。


グリッドを細かくするとファイルの容量が大きくなるのでご注意ください。ちなみに今回はグリッドの値を2倍にすることで11.8MBから94.0MBに増えました。