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特定の原子間の結合の表示や距離の測り方は距離の測り方をご覧ください。


水素結合の表示

水素結合の表示は簡単です。オブジェクトパネルの
Action → find → polar contacts →
からいずれかを選択します。


αへリックスは下図のようになります。ここでは水は必要ないので"without solvent"を選択しました。 単にへリックスの形成に関わる水素結合を表示したい場合は"just intra-main chain"で主鎖の水素結合を表示します。

点線の色や長さ、太さなどの調整は距離の測り方をご覧ください。

また、cartoonの透明表示は透明にて解説しています。

ただ表示するだけでは分子全体の水素結合が表示されてしまいます。 以下実用例として、タンパク質-リガンド間の水素結合と分子間の水素結合の表示方法について解説します。


タンパク質-リガンド間の水素結合

例ではRNaseと3'GMPの複合体です。RNaseと3'GMP間の水素結合を表示してみます。
  1. リガンドの選択
    2. リガンド（例では3'GMP）を適当な名前で選択します。 selectコマンドについてはコマンドの基本をご覧ください。
    select gmp, resn 3gp

  2. 水素結合の表示
    3. 作成したリガンドのパネルの
    Action → find → polar contacts → to other atom in object
    (水がいらなければ"to others excluding solvent")

    適当に表示を整えて完成です。
    Hide → everything
    Show → stick
    Show → cartoon


    ちなみに水分子のボール表示は
    show sphere, resn hoh
    set sphere_scale, 0.2
    また、水素結合に関係ない水分子を消したい場合は
    1.水分子をクリックで選択
    2.allのHide → Sphereで一旦全てのSphereを消去
    3.(sele)のShow → Sphereで再表示


    さらに、主鎖を消すには
    set cartoon_side_chain_helper, on



    -追記-
    水素結合距離（3.5 Å）にある水分子を表示するには下のコマンドが手っ取り早いです。3gpをリガンドの名前に変更してください。
    show sphere, resn 3gp around 3.5 like resn hoh
    set sphere_scale, 0.2

    また、水素結合距離にある残基を表示するには・・・
    show stick, byres (resn 3gp around 3.5)



    分子間の水素結合

    例はNectin1のホモダイマーです。chainAとchainB間の水素結合を表示してみます。
    1. 分子の選択
      2. chainAを適当な名前で選択します。 selectコマンドについてはコマンドの基本をご覧ください。
      select molA, chain A

    2. 水素結合の表示
      3. 作成したchainAのパネルの
      Action → find → polar contacts → to other atom in object


      相互作用部位の表示を参考に相互作用界面付近のアミノ酸残基をスティック表示してみました。