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分子置換法のモデルを準備する方法です。類似構造を探す方法と、構造予測によりモデルを作成する方法を紹介します。

類似構造の検索

  1. Blastにアクセス
  2. アミノ酸配列を入力し、中央の "blastp - query against another protein database" にチェックして、 プルダウンメニューから "PDB" を選択
  3. "Run BLAST" をクリック


  4. 相同性の高い順に表示されます。下の方にはアライメントも表示されます。


  5. PDBからPDBファイルをダウンロード
  6. PDBファイルの編集
    7. ダウンロードしたPDBファイルをテキストエディタで開いて、ヘッダや非タンパク質分子を削除します。 複数分子ある場合は一分子を残して削除します。
    (下の赤字の部分を削除します。)


構造予測

  1. SWISS-MODELのAutomated Modeをクリック


  2. 配列とE-mailアドレスを入力して "Submit Modeling Request" をクリック。
    型となる分子(pdbファイル)を指定することもできます。(入力してもしなくても使えます。)


  3. モデルが完成するとメールが届くので、指示に従い、pdbファイルをダウンロードします。