Home > PyMOL > cavityの表示

cavityを計算するプログラムはいろいろありますが、ここではお絵かきとしてcavityを表示してみます。 例にはPDB ID：1BL8を使用しました。

準備

まずはすべての表示を消して、surfaceとribbonモデルを表示します。
（※この操作ではsurfaceの表示さえできていたらOKです。cartoonモデルを消したり、ribbonモデルを表示したりはお好みでどうぞ。）

コマンドラインもしくはオブジェクトパネルより
hide everything
show surface
show ribbon


caviryの表示

  1. cavityの表示
    2. External GUIより、
    Setting → surface → Cavities & Pockets(Culled)



  2. cavityの調節
    3. 小さなcavityまで表示されてしまうので
    set cavity_cull, 34
    数字を調節して、小さいcavityを消します。

  3. 色の変更
    4. surfaceを好みの色に変更して、完成です。
    set surface_color, marine


  4. 透明
    5. surfaceを透明にするには、External GUIより
    Setting → Transparency → surface → 40%（数字はお好みで）