Home > Pymol > 保存度による色分け

The Consurf Serverを使ったアミノ酸の保存度による色分けの方法です。ここでは5つ以上の配列を使います。 4つ以下だとThe Consurf Serverでは計算してもらえません。4つ以下の場合はコチラをご参照ください。

Multi sequence aligmentファイルの作成

  1. FASTAファイルのアップロード
    2. CLUSTALWで比較したいアミノ酸配列をまとめたFASTAをアップロードするか、 テキストを貼り付けます。 例ではT1タイプのRNase、T1/Po1/He1/Ms/F1の5つの保存性をT1(PDB ID:2B4U)に色をつけます。
    今回使用したFASTAファイル

  2. Execute Multiple Aligmentをクリック

  3. clustalw.alnを保存
    4. 今回使用したアライメントファイル


The ConSurf Server

The ConSurf Serverにアクセス
  1. Analyze Nucleotides or Amino Acids?
    2. →Amino-Acids

  2. Is there a known protein structure?
    3. →YRS
    →PDB IDを入力 or PDBファイルをアップロード

    "next" をクリック


  3. Do you have a Multiple Sequence Aligment(MSA) to upload?
    4. →アライメントファイル(○○.aln)をアップロード
    →Indicate the Query Sequence NameにPDBファイルに対応する配列名を入力 (PDB ID:2B4Uの配列はアライメントファイルのT1に相当するので、今回はT1と入力)

  4. Do you have a tree file to upload?
    5. →No

  5. Job titleに任意の名前とE-Mailを入力して、submitをクリック


  6. 計算が終わったら、Follow the instructions to produce a PyMol figure (For users of PyMol)をクリック


  7. PDBファイルとPythonスクリプトのダウンロード
    • (b) PDB_FILE hiding Insufficient DataをクリックしてPDBファイルをダウンロード
    • consurf_new.pyをダウンロード


PyMOLで色をつける

  1. PyMOLでPDBファイルを開く

  2. Run → consurf_new.pyを開く
    3. 分子表面を表示して完成です。保存性の高い場所が紫、低いところが水色に色分けされます。