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PyMOLには、UniProtIDを入力するだけでAlphaFoldの構造を取り込むプラグインがあります。 このプラグインをインストールすることで、手軽に表示できます。

GitHubからプラグインをダウンロード

こちらのGitHubのページにアクセスし、 右上の緑の「Code」ボタンをクリックして「Download ZIP」を選択します。



PyMOLでプラグインをインストール

PyMOLを起動し、メニューバーの「Plugin」から「Plugin Manager」を選択します。 「Install New Plugin」のタブをクリックして、「Choose file」ボタンを押して、ダウンロードしたZIPファイルを選択します。


プラグインのインストールディレクトリを指定します（デフォルトのままでOKです）。


インストールが完了すると、PyMOLのプラグインメニューに「Import Alphafold2 entry from EMBL」が追加されます。

エラーが表示される場合
下のように「Plugin "Alphafold2import-main" has been installed but initialization failed」とエラーが出る場合は。。。


コマンドラインから下のコマンドを実行して、PyMOLを再起動してください。
import subprocess
import sys
subprocess.check_call([sys.executable, "-m", "pip", "install","requests"])


PyMOLのプラグインメニューに「Import Alphafold2 entry from EMBL」と表示されれば成功です。



プラグインの使用

PyMOLのプラグインメニューから「Import Alphafold2 entry from EMBL」をクリックして、ウインドウを開きます。
UniProtIDを入力して「Load model」ボタンを押すと、AlphaFoldの構造が表示されます。下の欄は入力する必要はありませんが、任意の分子名を入力することができます。 空欄の場合はUniPortIDが分子名となります。
コマンドラインから分子を取り込むには、次の書式を使います。UniPortIDのみでもOKです。
fetchAF2 uniprot, name




複数の分子を一括して取り込むには、次の書式を使います。
fetchAF2 uniprot1 uniprot2 ... uniprotN, name1 name2 ... nameN