Home > Pymol > 相互作用部位の表示

おおざっぱにダイマーインターフェースを選択して、表示してみます。
例ではPDB ID：3ALPを使用しています。

スクリプトの保存

PyMOL wikiのInterfaceResiduesというスクリプトを使用します。
  1. PyMOL wikiのInterfaceResiduesにアクセス
  2. The codeの下の灰色のボックス内をコピーして、テキストファイルに貼り付けます。
  3. InterfaceResidues.pyという名前で保存します。


スクリプトの実行

  1. PyMOLを起動して、PDBファイルを開きます。
  2. File → Run から、先ほど保存したInterfaceResidues.pyを開きます。
  3. コマンドラインに以下のように入力して実行します。
    4. interfaceResidue 3ALP, chain A, chain B
    3ALP → オブジェクトの名前
    chain A, chain B → 相互作用を見たいchain ID
    に変更します。

  4. (interface)というオブジェクトパネルが追加されます。



表示の変更

(interface)や全体の色や表示を変更します。 また、chainAとchainBのパネルも適当な名前で追加しておくと便利です。
select molA, chain A
select molB, chain B
  1. cartoon + sticks



  2. spheres


  3. surface