Home > その他 > 保存度による色分け

4つ以下の配列を使用した保存度の色分けの方法です。 PyMOLでできたらいいのですが、私にはやり方がわかりません。(PyMOLの方法はコチラ) ここでは分子描画ソフトCHIMERAを使います。 この方法なら配列の数はいくつでもできます。

Multi sequence aligmentファイルの作成

Multi sequence aligmentファイルの作成はPyMOLの手順と同様です。 ここでは4つの配列を使用します。 ちなみにこのアライメントファイルをThe Consurf Serverにアップロードすると5つつ以上の配列を使うように警告されます。
今回使用したFASTAファイル
今回使用したアライメントファイル

CHIMERAインストール

CHIMERAのインストールは簡単です。 左のdownloadからインストーラー(.exeファイル)をダウンロードして実行するだけです。

CHIMERAで色を付ける

  1. CHIMERAの起動
    2. CHIMERAを起動して、File → Openから色を付けるpdbファイルを開きます。

  2. Multi sequence aligmentファイルの読み込み
    3. Tools → Sequence → MultAlign Viewerからアライメントファイル(.aln)を開きます。

  3. 配列の選択
    4. Structure → Associationsからpdbファイルに対応する配列を選択します。

  4. 色を付ける
    5. Structure → Render by conservation

    色を選択してApplyを押します。デフォルトでは保存性が高い領域は赤、低い領域は青で色分けをします。


    Action → Show → Surfaceで分子表面を表示して完成です。

    色を変えるとこんな感じです。(高:オレンジ、低:白)