Home > おうちでできる構造解析 > 番外編～HKL2000 空間群の決定～

-おうちでできる構造解析 番外編-
概要 → HKL2000 → scalepack2mtz → 空間群の決定 → ログを読む

pointlessで決定する方法とPhaser（分子置換プログラム）で空間群を決定します。例ではとりあえずP222で処理したデータの空間群を決定してみます。 P222,P2221,P21212,P212121のいずれかになりますが、まだ答えは決まっていません。

pointless

  1. pointlessの起動
    2. "Data Reduction and Analysis" サブメニューにある "Import Unmerged Data(pointless)" をクリック


  2. pointlessの実行
    3. 1."Determine Laue group"にチェック
    2."Input reflection file type:"のプルダウンから"scalepack file"を選択
    3.HKL2000で出力した.scaファイルを入力


  3. 結果の確認
    4. P212121であることが分かりました。



Phaser

  1. Phaserの起動
    2. "Molecular Replacement" サブメニューにある "Phaser MR" をクリック


  2. Phaserの実行
    3. 1.Scalepack2mtzで出力した.mtzファイルを入力
    2."Run Phaser with"のプルダウンから"all alternative space groups"を選択
    3.モデル分子の.pdbファイルを入力
    4.相同性を入力（0～100%）
    5.アミノ酸配列（.fastaファイル）を入力
    6.非対称単位中の分子数を入力


  3. 結果の確認
    4. P212121で解が得られました。