Home > Pymol > ポケットの表示

リガンドの周辺のみ分子表面を表示してみます。

例にはPDB ID：3A7Eを使用しています。また、リガンドをボール&スティックモデルで表示しています。 ボール&スティックモデルの表示についてはコチラを参照ください。

ポケット

  1. リガンド周辺を選択する
    2. 以下のコマンドを使用します。"samの周辺8 Åをpocketという名前で選択する" という意味です。 samのところにリガンドの名前、around 8の数字の部分を表示したい距離に変更してください。
    select pocket, resn sam around 8

    リガンドの表記が分からないときは
    Display → Sequence
    で配列を表示して、3文字表記のものを探します。（例ではSAMという名前になっています）



  2. surfaceを表示する
    3. 1で作ったパネル（pocket）から
    Show → surface
    で分子表面を表示します。


  3. surfaceの色を変える
    4. 以下のコマンドでsurfaceの色を変えて完成です。
    set surface_color, marine
    ↓