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PDB(Protein Data Bank)から電子密度マップをダウンロードして、 PyMOLで表示する方法を紹介します。

電子密度マップのダウンロード

  1. PDB から、電子密度を表示させたいタンパク質のページにアクセスします。
  2. 下の方の "Experimental Details" の中にある "EDS" をクリック


  3. 左の "Download" の中の "Maps" をクリック


  4. プルダウンメニューから
    ・Maps format : CCP4
    ・Type : 2mfo-dfc
    を選んで、"Generate map"をクリックするとリンクが現れるので、gzファイルをダウンロードして、解凍します。


  5. ファイル名の変更
    6. PDBファイルとCCP4ファイルの名前が一緒だと、同時に開けないので、どちらかを適当な名前に変えます。
    例では3alp.pdbと3alp_map.ccp4としました。

PyMOLで表示する

  1. PDBファイルとCCP4ファイルを開く
    2. File → Open


  2. 全体を表示する
    3. isomesh (任意の名前), (CCP4ファイルの名前), (sigma)
    でマップを表示します。例えば
    isomesh map, 3alp_map, 2.0
    とすると、mapという名前で2.0sigmaの電子密度マップのオブジェクトを作成します。

  3. 一部を表示する
    4. 表示するアミノ酸残基などを選択してパネルを作成します
    select (任意の名前), (対象)
    例えば、chainAのCys51とCys124をcysteineという名前で選択します。
    select cysteine, (resi 51,124 and chain A)


    続いて、電子密度を表示します。全体のときとほとんど同じで、最後に選択した対象を追加します。
    isomesh (任意の名前), (CCP4ファイルの名前), (sigma), (選択した対象)
    先ほど選択したcysteineの電子密度をssmapという名前で作成します。
    isomesh ssmap, 3alp_map, 2.0, cysteine


    表示を整える

    1. 色を変える
      2. color grey50, ssmap
      もしくは、オブジェクトパネルの "Color" で色を選択します。
    2. メッシュの太さを変える
      3. set mesh_width, 0.5
    3. 最後に背景を白にして、スティック表示にするとこんな感じです。


      4. 例があまり良くなかったような気もしますが、以上です。
      詳しい情報やきれいな図の例はPyMOLWiki Display CCP4 Maps を参照ください。