PyMOL,preset,リガンド結合部位
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presetという機能を使って、リガンドとリガンドの結合部位を手っ取り早く表示します。
preset
PDBファイルを開く
PDBファイルを読み込みます。例ではPDB ID : 3A7E(Catechol O-methyltransferaseというタンパク質と2つのリガンド 3,5-DinitrocatecolとS-adenosylmethionineの複合体)を使用します。
preset
Action → preset → ligand sites → cartoon
他には、 Action → preset → ligand sites → transparet(better)
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